与键盘版 Prophet Rev2 一样，Prophet Rev2 Desktop 每个音都有两个 DCO，有 4 种波表可以选择（齿波、三角波、三角+齿波和脉冲），1 个 sub-octave 发生器和一个 2/4 pole 低通共振滤波电路。这个滤波器不仅仅出现在经典的 Prophet 08 合成器上，众多经典的 70 和 80 年代合成器都使用了这套滤波系统。

Prophet Rev2 的新功能就是加入了波表调制功能，用户可以对 4 个波表的脉冲宽度进行调试，或者使用 LFO 和其他动态调制源让其产生持续的变化。

全新的复音步进音序器最大支持 64 个步进，每个步进最多能有 6 个音, 并且可以进行叠加。同时这个音序器也可以作为动态调制器，允许你创造 4 组不同的 16 步进调制。音序器带有量化、rests 功能，支持外部 MIDI 时钟同步。

效果器模块提供了混响。延迟(标准和 BBD）、合声、移相器、环形调制和失真效果器，可以全局应用或者在 Split 模式下对每个单音进行应用，可以在不同的叠层上应用不同的效果。